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初生根对于幼苗的早期生长和存活至关重要。近日，扬州大学农学院徐辰武教授团队在JournalofExperimentalBotany在线发表了一篇题为Integratingtranscriptome,co-expressionandQTL-seqrevealmetabolismofflavonoidsandauxinassociatedwiththeprimaryrootdevelopmentinmaize的研究论文，通过结合转录组、共表达网络分析和QTL-seq，揭示了黄酮和生长素代谢在玉米初生根发育中的关键作用。

该研究对两个具有相反的主根长度的玉米近交系进行了12天、9个时间节点的动态转录组分析，共鉴定出18,个差异表达基因。进一步的基因富集、植物激素含量测定和代谢组学分析表明，生长素的生物合成和信号转导以及苯丙烷和类黄酮的生物合成途径与根的发育有关。该研究还进行了共表达网络分析。发现八个模块与品系/生长阶段以及主根/侧根长度有关。在与根长相关的模块中，类黄酮代谢以及生长素的生物合成和信号转导构成了初级根发育过程中的复杂基因调控网络。此外，该研究还通过共表达网络分析，QTL-seq和功能注释，鉴定了两个与植物生长素信号传导和类黄酮生物合成相关的候选基因：rtcs和Zmd。该研究结果促进了对植物根系发育调控网络的进一步理解，并未改善玉米根系表型提供了宝贵的候选基因。